Гордон Фримен и Аликс Вэнс выбираются из разрушенной Цитадели и пробираются через леса и подземные тоннели к базе Сопротивления, отбиваясь от сил Альянса и новых видов противников. Дорогу разбавляют перестрелки с использованием транспорта и фирменные физические головоломки серии.