Игрок управляет ассасином Альтаиром ибн Ла-Ахадом, действующим на Ближнем Востоке XII века во время Третьего крестового похода. Воспоминания предка переживает его потомок из XXI века Десмонд Майлз через «Анимус». Нелинейная структура даёт свободу в порядке действий, а события прошлого показаны как воспроизводимый опыт.