Продолжение Sonic the Hedgehog 2 начинается ровно с того места, где закончилась предыдущая часть: Соник падает на парящий остров и знакомится с новым героем — ехидной Наклзом. Вместе с ним ему предстоит снова собрать Изумруды Хаоса и помешать доктору Роботнику перезапустить его корабль «Яйцо смерти».