Ниндзя и его четвероногий напарник разбираются с террористами, заминировавшими город: четыре задания, обезвредить бомбы и добраться до синдиката. Это одно из первых ответвлений Shinobi, вышедшее параллельно с The Revenge of Shinobi. Версия для Mega Drive под названием The Secret of Shinobi получила совсем другой набор уровней, а на домашних компьютерах появились собственные порты.