Сюжет строится на альтернативной реальности, где Супермен и его союзники перестали быть гарантами порядка: граница между добром и злом размывается, и герои становятся главной угрозой. В числе персонажей — Бэтмен, Чудо-женщина, Флэш, Харли Квинн и Соломон Гранди, а разработчики из NetherRealm, известные по Mortal Kombat, сделали ставку на оригинальную сюжетную кампанию.